보건복지부, 지역·필수의료에 연 3.6조 원 건강보험 투입 역대 최대 규모 건강보험 수가 구조혁신

종합뉴스 / 박노신 기자 / 2026-06-25 22:42:05
비수도권과 수도권 취약지에는 연 4천억 원의 지역 우대수가 적용
▲ 보건복지부


[뉴스힘=박노신 기자] 비수도권과 수도권 취약지에는 연 4천억 원의 지역 우대수가를 적용하는 등 지역과 필수의료를 강화하기 위해 연 3.6조 원의 건강보험을 집중 투자한다. 또한 혈액검사 등 검체검사와 CT·MRI 검사의 과다 지출을 연 2.6조 원 절감한다.

보건복지부는 이러한 내용을 담은 '건강보험 수가 구조 혁신방안'을 6월 25일(목) 건강보험정책심의위원회에서 확정했다고 밝혔다.

현행 건강보험 수가는 ▴빈도를 쉽게 늘릴 수 있는 검사 분야는 과보상된 반면, ▴진찰, 입원, 중증·응급의 최종치료 등 필수진료는 저보상되어 근본적 개편이 필요하다는 지적이 지속 제기되어 왔다.

건강보험정책심의위원회 내에 구성된 의료비용분석위원회에서 의과에 해당하는 약 6천여 개의 건강보험 수가에 대한 비용 대비 수익을 분석한 결과, 혈액검사 등 검체검사는 190%, CT·MRI 등 특수영상 검사는 194%로 과보상된 반면, 진찰·입원·마취 등의 분야는 저보상된 것으로 분석됐다.

이는 ▴과잉 검사 등 검사에 치중한 의료 공급, ▴외래 방문은 잦으나, 충분하지 않은 짧은 진료 등을 초래하여, 환자들의 불필요한 의료 이용이 늘어나는 부작용의 원인이 되고 있다.

또한, 의료기관 기능과 지역 여부, 의료행위의 난이도·대기비용 등과 관계없이 동일한 수가가 적용되어 지역의료를 약화시키고 있으며, 위험도와 난이도가 높고 응급의 대기가 필요한 필수의료 역량을 저하시키는 문제가 있다.

이러한 문제를 근본적으로 해결하기 위해, ▴지역·필수의료 보상을 집중 강화하고, ▴과다한 검사를 줄이고 지역·필수의료 중심의 진료가 이루어질 수 있도록 균형 수가로 전환하는 건강보험 수가 혁신을 추진한다.

【 추진방향 】


첫째, 지역과 필수의료를 강화하기 위해 현행 건강보험 수가체계 도입(’01년) 이래 역대 최대 규모인 연간 3.6조 원의 건강보험을 투입한다.

둘째, 저보상된 분야의 건강보험 수가는 전반적으로 상향하면서, 지역 내에서 중증·응급 등 필수진료 역할을 하는 의료기관에 더 큰 폭의 보상이 이루어지도록 지불제도 개편을 함께 추진한다.

셋째, 건강보험 수가 개편 주기를 기존 5~7년에서 2년 이내로 단축하여, 불합리한 부분을 신속하게 개선한다.

【 지역·필수의료 강화 : 연 3.6조 원 보상 확대 】

첫째, 비수도권과 수도권 중 지역의사 의무복무 지역 6개 진료권에는 건강보험 수가 가산 원칙을 적용한다.

▴모든 수술·처치 행위 약 2,700개에 10% 가산(종합병원 이상), 야간휴일 응급에 10% 추가 가산▴소아중환자실 처치 행위에 50% 가산(상급종합병원 등), ▴모자센터의 고위험 분만, 신생아 중환자실 입원료에 추가적인 가산을 적용하는 등 지역 우대수가를 적용하고 단계적으로 확대한다.

둘째, 인구감소지역으로 지정된 지역 중 84개 시군구에 소재한 종합병원, 병원, 의원(’26년 기준, 총 2,249개 의료기관)에는 진찰료를 5% 가산하고, 종합병원, 병원은 입원료 5%를 가산 적용한다.

셋째, 비수도권의 모자의료센터를 확충할 수 있도록 사후보상 시범사업을 비수도권 중심으로 확대(+5개소 목표)하고, 지역 병원의 환자 감염 관리 역량을 강화할 수 있도록 중소병원 맞춤형 감염예방관리료 기준을 신설한다.

◈ 검사 중심에서 필수적 기본진료 중심으로 전환 연 1.5조 원 / 26.12월 시행

첫째, 건강보험 수가 기본이 되는 진찰료 상대가치점수를 20년 만에 상향한다. 동네 의원 첫 방문 시 진찰료는 6%, 재진 시에는 4% 상향한다. 병원급 이상은 초재진 모두 2% 상향한다.

둘째, 충분한 진찰과 상담에 대해서는 상응하는 보상을 할 수 있도록 심층 진찰과 심층상담체계를 본격화한다. 현재 시범사업으로 시행되는 상급종합병원의 15분 이상 심층진찰과 소아 대상 일차의료 15분 이상 심층상담은 본 사업으로 전환한다.

이와 함께 ▴종합병원의 심층진찰과 ▴내과, 가정의학과, 산부인과 일차의료 심층상담 시범사업을 신규 실시한다.

셋째, 환자들이 더 나은 입원서비스를 제공받을 수 있도록 입원료 보상을 강화한다. 입원료 보상은 비용 대비 수익이 저보상되어 있는 점을 고려하여 10년 이상 고정된 입원료 기본수가를 상향(일반병실 7%, 중환자실 10%)하고, 간호인력 투입이 높은 입원실일수록 더 많은 보상을 받을 수 있도록 한다.

◈ 응급 문제 해결을 위해 최종치료 파격 보상 연 9천억 원 / 26.12월 시행

첫째, 종합병원 이상 의료기관에는 전체 수술·시술 행위 2,700여 개 중 60%에 해당하는 1,600여 개의 건강보험 수가 수준을 20% 상향한다. 1,600여 개 행위는 심뇌혈관, 급성복증 등의 응급 관련 수술·시술과 암 등 중증 수술, 복합골절과 재건성형, 동맥관 개존증 등 선천성 기형 관련 시술 등 난이도가 높고 숙련된 인력 투입이 많은 수술·시술이 대상이다.

둘째, 휴일·야간에 권역응급의료센터를 통해 응급으로 입원한 환자에 대해서는 수술 수가가 5.5배 상향된다. 같은 중증수술이어도 야간·휴일과 응급상황 등 시급성이 높을수록 보상 수준을 높여 중증응급 환자에 대한 최종치료 역량을 강화한다.

셋째, 수술과 시술뿐 아니라 마취 등 최종치료에 수반되는 행위에 대한 보상도 대폭 확대한다. 종합병원 이상 의료기관의 전신마취에 대한 수가 수준을 현행 대비 50% 상향하고, 1,600개 중증 수술·시술과 이에 동반되는 마취에 대한 야간·공휴 가산을 현행 100%에서 150%로 강화한다.

◈ 고위험산모·신생아 위한 모자의료 보상 강화 연 1천억 원 / 26.. 3분기 시행

첫째, 고위험 임산부와 신생아 중환자에 대한 치료를 보다 집중적으로 할 수 있도록 모자센터를 중심으로 보상을 강화한다. 지금까지는 분만에 대해 공공정책수가를 최대 176만 원 지원하고 있지만, 모든 분만에 일률적으로 지원하고 있고, 고위험 분만과 조산아 치료에는 보상이 부족해 모자센터를 중심으로 집중적인 수가 조정이 필요하다는 의견이 지속 제기되어 왔다.

이에, 산모 중증도, 신생아 상태(주수, 체중 등), 지역 등을 종합적으로 고려하여 중증모자센터와 권역 모자센터 등을 중심으로 보상을 대폭 조정한다. 단순히 한 번의 분만이 아니라 신생아가 중환자실에서 치료받는 기간에 대해서도 가산 수가를 신설하여, 고위험 분만과 신생아 중환자를 치료하는 모든 과정에 대해 종합적인 보상을 강화한다.

구체적으로 ▴28주 미만 또는 1,000g 미만 조산아는 중증 모자센터(현행 2개소→ 6개소까지 단계적 확대)에서, ▴32주 미만, 1,500g 미만 조산아는 권역 모자센터(20개소)에서 집중 치료할 수 있도록 분만과 신생아 중환자실 치료에 대한 가산 수가를 마련한다.

예를 들어, 28주 미만을 조산아를 중증모자센터에서 분만한 경우, 기본 분만 수가에 더하여 약 440만 원을 가산하고, 비수도권 모자센터의 경우에는 약 506만 원을 가산한다.

신생아 중환자의 경우에는 24주에서 28주의 약 4주간 신생아 중환자실에서 치료 시, 4주간은 ▴기본 입원료(1일당 약 96만 원)에 더하여 120%(1일당 115만 원)의 가산금을 추가하여 입원료를 2.2배 수준으로 높이고, ▴비수도권 모자센터의 경우는 150%(1일당 144만 원)의 가산금을 추가하여 입원료를 2.5배 수준으로 보상한다.

둘째, ▴고위험 임산부의 산전후 관리에 대한 보상 수준을 높이고 ▴신생아 중환자실 내에서 이루어지는 처치에 대한 가산을 신설한다.

셋째, 기본적인 임신·분만 수가(200여 개 행위) 수준을 20% 상향하고, 고위험분만에 대해서는 자연분만과 제왕절개 모두 일반 분만의 100~200% 가산을 적용한다.

◈ 일차진료부터 중증치료까지 소아 맞춤 보상 강화 연 2천억 원 / 26..12월 시행

첫째, 소아에 대한 일차진료를 강화하기 위해 진찰료 가산 연령을 현행 6세 미만에서 8세 미만으로 상향한다. 이에 따라 진찰과 입원 간에 서로 달리 적용된 가산 연령을 8세 미만으로 동일하게 조정하고, 가산 수준을 높인다.

둘째, 종합병원 이상에서 중증·응급 수술 1,600개의 수가를 20% 상향하는 과정에서, 같은 수술이어도 6세 미만 소아 수술은 난이도와 위험도가 높은 점을 고려해 50%를 추가로 가산한다.

셋째, 소아 중환자실의 중증 처치가 필요한 경우, 처치에 대한 보상을 50% 가산하면서 비수도권과 수도권 취약지는 100%를 가산한다.

넷째, 소아·청소년 야간 진료를 담당하는 달빛 어린이병원(현재 151개소)을 병원급(84개소)과 의원급(67개소) 간 기능을 고려해 병원급 중 입원진료, 수액치료 등이 필요한 중등증 소아 환자 진료 기능을 강화하도록 소아전문관리료를 신설(약 5만 원)하고, 소아 인구가 적은 시군구 소재 달빛어린이병원(현재 121개소)에는 야간진료 수가를 30%를 가산한다.

◈ 급성기-회복기 의료공급·이용체계 확립 지원 연 5천억 원 / 27..1월 시행

첫째, 의료기관이 필수의료 기능을 하는 경우, 더 보상을 받을 수 있도록 의료 공급·이용체계 혁신과 연계한 보상을 지속 강화한다. 중증 중심 상급종합병원 구조전환 지원사업과 지역 내 대부분의 의료 문제 해결을 위해 시행한 포괄2차 종합병원 지원사업을 강화하면서 본사업 기반을 확립한다.

또한, 포괄2차병원의 지원금액을 현행 연 7천억 원에서 연 9천억 원으로 2천억 원 상향하고, 증액된 2천억 원은 성과지원으로 활용(성과지원 총 4천억 원)토록 한다.

둘째, 급성기 치료 후 회복 과정과 퇴원 후 재택까지 이어지는 회복기 의료 공급·이용체계를 확립하고 이에 대한 보상을 강화한다. 중증 급성기 치료 후 환자 상태가 안정되기 전에 회복기 병원으로 전원하거나 퇴원 후 재택으로 가게 되어, 회복 속도가 더디고 다시 응급실로 오게 되는 경우가 있었다.

이를 방지하기 위해 급성기 병원의 중환자실에서 조기 재활을 실시하고 중증환자는 급성기 치료 후 일정 기간 회복 상태를 관찰하여, 환자가 충분히 안정된 상태에서 회복기 병원으로 연계하는 시범사업을 도입한다.

또한, 회복기 재활 의료기관에서 환자에게 더 질 좋은 재활의료를 제공할 수 있도록 성과와 연계된 보상을 도입한다.

셋째, 재활치료가 필요한 어린이들이 집중 재활 치료를 받을 수 있도록 어린이 재활의료기관을 현행 47개소*에서 66개소까지 확충한다. 또한 집중 재활치료의 대상 연령을 6세 미만에서 9세 미만까지 확대한다.

이를 통해 집중 재활치료를 받을 수 있는 어린이는 연간 약 7,500명에서 최대 약 9,800명까지 늘어날 것으로 기대된다. 집중재활치료에 대한 수가 가산도 현행 30%에서 40%로 상향한다.

【 검체검사, CT·MRI 검사 수가 조정 : 연 2.6조 원 과다지출 절감 】

첫째, 혈액검사 등 검체검사의 과보상 수준이 비용 대비 수익 190%인 점을 고려하여 150% 이상 과보상된 수가를 낮추어 연 1.7조 원의 과다지출을 줄이고 위탁 검사의 경우 검사료의 10%를 위탁관리료로 산정하는 제도를 폐지하여 2천억 원의 지출을 줄인다.

둘째, 컴퓨터단층촬영(CT)와 자기공명영상(MRI) 수가 비용 대비 수익 150% 이상 과보상된 수가를 낮추어 연 7천억 원의 과다지출을 절감한다. 아울러, CT와 MRI의 성능, 내구연한 등 품질을 종합적으로 고려하여 보상과 연계하고, 검사의 품질을 높임으로써 검사의 중복 촬영을 방지할 수 있는 기반을 확립한다.

아울러, 수가 조정 과정에서 중증ㆍ응급에 수반된 필수검사로, 과다 검사 우려가 없는 경우는 검사가 유지될 수 있도록 미세 조정할 예정이다.

【 검체검사 위수탁 제도 개편 세부방안 】

과보상된 검체검사 수가의 단계적 조정과 연계하여, 검체검사 위·수탁 제도를 1999년 이후 27년 만에 전면 개편한다.

그간 검체검사 위·수탁은 검체검사 수가의 과보상과 검사료 상호정산 구조로 검사료 할인이 지속되어, 위탁검사의 처방 유인과 검사 질 저하 문제가 꾸준히 제기됐고, 작년 9월 두 환자의 검체가 변경된 사고가 발생하여 제도개선 요구가 확대된 바 있다.

첫째, 위·수탁 보상체계는 검체검사 과보상 조정 로드맵(1, 2단계)과 연동하여 검사료 내 위·수탁기관별 보상수준을 명확화하고, 구분 지급하는 방식으로 개편하여 검사료 할인을 차단하고, 불필요한 검사 유인을 축소한다.

검체검사 수가 조정 1단계(’26.하반기)에서 진단검사(혈액·소변 등)는 평균 150% 이상 과보상된 수가를 낮추고 위탁검사관리료를 폐지(재정이동)하여, 조정된 검사료 내에서 위·수탁기관 역할 등에 따라 보상수준을 위탁 35%, 수탁 65%로 구분한다. 각 보상수준 내 질 관리 강화를 위해 ‘기본수가’와 함께 질 제고 유인을 위한 ‘조건부보상’ 체계를 도입한다.

기본수가로 위탁기관에는 ‘위탁검사의뢰·관리료’를 검사료의 25%, 수탁기관에는 ‘수탁 검사료’를 검사료의 45%로 고정하고,조건부 보상을 위탁 10%, 수탁 20% 이내로 도입하여 질관리 기전을 마련하되, 2년 한시 적용 후 재평가한다.

조건부 보상은 재정 범위 내에서 수탁기관은 고난도·취약지 검사, 수탁 검사 프로세스 개선, 위탁기관은 의원급에 임상결과 분석·관리 강화 보상 등을 검토하여, 검사의 접근성과 질 제고, 환자안전 강화를 유도할 계획이다.

둘째, 위·수탁 보상수준은 비용분석 결과 등을 바탕으로 지속 조정해나간다.

검사 수가 조정 2단계(’28.하반기)에서 과보상된 수가를 110% 수준으로 조정하고, 조정된 검사료 내에서 위·수탁기관별 비용분석 등을 토대로 보상수준을 추가 조정한다. 이를 위해 ’27년까지 위·수탁기관에 대한 비용분석을 완료할 계획이다.

셋째, 검체검사의 질관리 체계를 개선하여, 검사의 질과 환자 안전을 강화한다.

현행 검체검사료 질가산(진단검사 8%, 병리·핵의학 4%) 기준을 자체검사와 수탁검사 특성에 따라 구분하고, 일률가산이 아닌 가산을 차등하는 방식으로 개선한다. 수탁검사의 전 주기 관리, 환자 안전, 개인정보보호에 대한 인증기준을 개선하고, 환자 안전사고와 재수탁에 대한 관리와 제재규정을 명확화한다.

현재 민간 학회 중심의 수탁기관 인증·제재 등에 대한 공적관리를 강화하고, 건강보험 급여 검사와 검진, 비급여 위탁검사 간 관리 정합성을 제고한다.

앞으로 위·수탁기관별 조건부보상 세부안 등을 구체화하여, 검체검사 수가 조정 시행시점에 맞춰 위·수탁 보상체계 개편을 시행(‘26.12월)할 계획이다.

【 환자 본인부담 영향 】

환자의 개별적인 의료 이용 행태별로 본인부담이 상이하지만, 현행 의료 이용을 가정할 때, 전체적인 건강보험 재정 규모의 본인부담 진료비는 늘지 않을 것으로 예상된다.

이는 지역·필수의료 강화와 관련된 진료비는 본인부담이 없거나 낮게 설계*됐고, 검체검사와 CT·MRI 수가 수준이 인하되어 본인부담분도 함께 줄어들기 때문이다.

정부는 건강보험 수가 혁신과 함께 과다 의료 이용 방지, 건강보험 부정수급 관리 강화 등 지출 효율화를 병행하여 건강보험의 재정 지속가능성을 높일 수 있도록 할 예정이다.

정은경 장관은 “건강보험 수가 혁신방안은 국민의 목숨을 살리기 위해 지역ㆍ필수의료에 대한 투자를 대폭 강화하는 첫걸음이다”이라고 하며 “건강보험 수가 개편 이래 역대 최대 규모인 연 3.6조 원 투자를 시작으로, 지역필수특별회계 지원도 차질 없이 이루어지도록 하겠다”고 밝혔다.

또한 “건강보험 수가 개편과 함께, ▴지역 의료 인력 확충, ▴최선을 다한 진료에 대한 의료사고 민형사상 부담 완화, ▴국립대병원 육성 등 제도 개선도 이행하여 국민이 지역에서, 신속하게 응급치료를 받고 병원 걱정 없이 아이를 낳고 기를 수 있도록 하겠다”라고 말했다.

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